Η Ένωση Αθέων εκπροσωπείται από πενταμελή Γραμματεία, η οποία εκλέγεται από τη Γενική Συνέλευση Μελών. Η τρέχουσα σύνθεση της Γραμματείας, όπως προέκυψε από τις εκλογές της 29ης Νοεμβρίου 2025, είναι:
Τακτικά Μέλη
Κοϊτσάνου Βασιλική (Πρόεδρος)
Πάπιστας Ναπολέων (Γραμματέας)
Μπαντέκας Δίας (Ταμίας)
Χειμάρα Θεοδοσία (Α’ Σύμβουλος)
Ανδρεάδης Αντώνιος (Β’ Σύμβουλος)
Αναπληρωματικά μέλη
Βαλασιάδου Αλίκη (Α’ Αναπληρωματική)
Υμέναιος Νικόλαος (Β’ Αναπληρωματικός)
Εμμανουήλ Ευαγγελία (Γ’ Αναπληρωματική)
Βάσει του Εσωτερικού Κανονισμού που υιοθετήθηκε με απόφαση της Γενικής Συνέλευσης Μελών της της 12ης Οκτωβρίου 2013 δικαίωμα λήψης αποφάσεων έχει επίσης η Μόνιμη Ηλεκτρονική Συνέλευση που απαρτίζεται από όλα τα τακτικά μέλη της Ένωσης τα οποία έχουν εγγραφεί στο forum Αθεΐα και βρίσκεται σε μόνιμη συνεδρίαση σε κλειστό χώρο του forum.
