Η Ένωση Αθέων εκπροσωπείται από πενταμελή Γραμματεία, η οποία εκλέγεται από τη Γενική Συνέλευση Μελών. Η τρέχουσα σύνθεση της Γραμματείας, όπως προέκυψε από τις εκλογές της 4ης Νοεμβρίου 2023, είναι:
Τακτικά Μέλη
Ανδρεάδης Αντώνης (Πρόεδρος)
Πάπιστας Ναπολέων (Γραμματέας)
Λέλης Αντώνης (Ταμίας)
Καβάκος Ζώης (Α’ Σύμβουλος)
Δρίβας Θανάσης (Β’ Σύμβουλος)
Αναπληρωματικά μέλη
Μπαντέκας Δίας (Α’ Αναπληρωματικός)
Ξηρουχάκης Γεώργιος (Β’ Αναπληρωματικός)
Μαρκουίζος Αντώνης (Γ’ Αναπληρωματικός)
Βάσει του Εσωτερικού Κανονισμού που υιοθετήθηκε με απόφαση της Γενικής Συνέλευσης Μελών της της 12ης Οκτωβρίου 2013 δικαίωμα λήψης αποφάσεων έχει επίσης η Μόνιμη Ηλεκτρονική Συνέλευση που απαρτίζεται από όλα τα τακτικά μέλη της Ένωσης τα οποία έχουν εγγραφεί στο forum Αθεΐα και βρίσκεται σε μόνιμη συνεδρίαση σε κλειστό χώρο του forum.
