Την 15η Φεβρουαρίου 2021 το Πρώτο Τμήμα του Ευρωπαϊκού Δικαστηρίου Δικαιωμάτων του Ανθρώπου (ΕΔΔΑ) ανάρτησε στην δημόσια προσβάσιμη ιστοσελίδα του το γεγονός ότι κοινοποίησε στην Κυβέρνηση της Ελλάδας την προσφυγή που είχε ασκήσει η Ένωση Αθέων τον Φεβρουάριο του 2018. Η ανάρτηση είναι
προσβάσιμη στην ιστοθέση: http://hudoc.echr.coe.int/eng?i=001-208210
Η ανακοίνωση του ΕΔΔΑ περιλαμβάνει μια σύνοψη της υπόθεσης, αναφέροντας ότι αντικείμενο της προσφυγής αποτελεί ο τρόπος με τον οποίο παρουσιάζεται η αθεΐα στο βιβλίο των θρησκευτικών της Β’ Λυκείου στην Ελλάδα. Στην σύνοψη, το ΕΔΔΑ αναφέρει την άρνηση του Υπουργείου Παιδείας να αντικατασταθεί το κεφάλαιο περί αθεΐας με ένα πιο αντικειμενικό κείμενο που να μην παρουσιάζει αρνητικά την αθεΐα. Αντ’ αυτού, σύμφωνα πάντοτε με το έγγραφο του ΕΔΔΑ, το περιεχόμενο του μαθήματος των θρησκευτικών αναπτύχθηκε με την συμμετοχή εκπροσώπων της Ορθόδοξης Εκκλησίας της Ελλάδας.
Το ΕΔΔΑ αναφέρεται στο γεγονός ότι η Ένωση Αθέων το 2017 προσέφυγε στο Συμβούλιο της Επικρατείας για την ακύρωση των υπουργικών αποφάσεων, ζητώντας συνεκδίκαση της υπόθεσης με τις αιτήσεις ακύρωσης των προσφευγόντων στην υπόθεση Παπαγεωργίου κ.α. κατά Ελλάδας. Ζητήθηκε επίσης η κατεπείγουσα εξέταση των υποθέσεων, δηλαδή πριν την έναρξη του σχολικού έτους 2017 – 2018. Όμως, η Ολομέλεια του Συμβουλίου της Επικρατείας έδωσε προτεραιότητα σε μεταγενέστερα υποβληθείσα αίτηση ακύρωσης χριστιανών ορθοδόξων, με αποτέλεσμα να ακυρώσει τις υπουργικές αποφάσεις βάσει αυτής και, κρίνοντας ότι το μάθημα είναι υποχρεωτικά ομολογιακό, κατάργησε την δίκη ως προς την Ένωση Αθέων. Η Ένωση Αθέων προσέφυγε στο ΕΔΔΑ, επικαλούμενη το άρθρο 9 (ελευθερία συνείδησης) σε συνδυασμό με το άρθρο 14 (απαγόρευση διακρίσεων) της Ευρωπαϊκής Σύμβασης των Δικαιωμάτων του Ανθρώπου, καταγγέλλοντας ότι στάθηκε αδύνατο να αποτρέψει ισχυρισμούς περιφρονητικούς και σεκταριστικούς κατά της αθεΐας στο περιεχόμενο του μαθήματος των
θρησκευτικών.
Με βάση αυτό το ιστορικό, το ΕΔΔΑ απευθύνει στην Κυβέρνηση της Ελλάδας καθώς και στην Ένωση Αθέων το ερώτημα: “Η αδυναμία της προσφεύγουσας για αποτροπή της φερόμενης “περιφρονητικής και σεκταριστικής” παρουσίασης της αθεΐας στο μάθημα των θρησκευτικών για το σχολικό έτος 2017 – 2018 παραβιάζει το δικαίωμα στην ελευθερία συνείδησης των μελών της, το οποίο κατοχυρώνεται στο άρθρο 9 σε συνδυασμό με το άρθρο 14 της Σύμβασης;”
Η υπόθεση βρίσκεται στο στάδιο απόπειρας επίλυσης με φιλικό διακανονισμό. Εάν δεν επιτευχθεί ο εν λόγω διακανονισμός, η υπόθεση θα περάσει στην επόμενη φάση, δηλαδή στην εκδίκαση από το Ευρωπαϊκό Δικαστήριο των Δικαιωμάτων του Ανθρώπου. H προσφεύγουσα εκπροσωπείται από τον δικηγόρο Βασίλη Σωτηρόπουλο.